Da eine endgültige Heilung wegen der noch unbekannten Ursachen der Erkrankungen nicht möglich ist, beschränkt sich die medizinische Behandlung darauf, die Symptome zu unterdrücken und die Ausweitung der Entzündung zu verhindern. Dies geschieht in der Regel durch entzündungshemmende Medikamente wie 5-Aminosalicylate (Mesalazin, Olsalazin), Sulfasalazin oder Cortisonpräparate. In schwierigeren Fällen kommen Immunsuppressiva, Präparate, welche die körperliche Abwehr unterdrücken, zum Einsatz. Dazu gehören Azathioprin und 6-Mercaptopurin. Bei einigen Patienten helfen auch spezielle Antibiotika wie z.B. Metronidazol.

Weiterhin werden bei Patienten mit einer schweren Verlaufsform teilweise gute Erfolge mit Medikamenten erzielt, die gegen bestimmte entzündungsfördernde Botenstoffe des Immunsystems gerichtet sind. Zu ihnen gehören die „TNF-alpha-Antikörper“.

In neueren Therapieansätzen versucht man, die Darmflora durch Bakterienpräparate günstig zu beeinflussen. Auch die zeitweise ausschließliche Ernährung mit Formuladiäten („Sonden- oder Astronautenkost“) kann besonders bei Kindern und Jugendlichen die Entzündung zum Abklingen bringen.

In der Chirurgie ist die Behandlung von Begleiterscheinungen wie Fisteln, Stenosen oder Abszessen möglich. Bei sehr schweren Erkrankungsformen, die auf die medikamentöse Therapie nicht ausreichend reagieren, kann die Entfernung von stark entzündeten Darmabschnitten oder des ganzen Dickdarms nötig werden.

Ist der Schließmuskel noch funktionsfähig, so kann als Ersatz für den Dickdarm ein Reservoir aus Dünndarmteilen gebildet werden („Pouch“ = Tasche). Der Stuhlgang funktioniert dann weiter wie bisher über den After. Allerdings ist zumindest in den ersten Monaten nach der Operation noch mit einer relativ hohen Stuhlfrequenz zu rechnen.

Auch ein künstlicher Darmausgang stellt dank moderner Versorgungssysteme für die meisten Betroffenen zwar zunächst eine Umstellung, aber keine bedeutende Einschränkung der Lebensqualität dar.

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